O Σωτήρης Μουστάκας υπήρξε πολύ ερωτευμένος με τη Μαρία Μπονέλου. Παντρεύτηκαν το 1973 και μαζί απέκτησαν μια κόρη, την Αλεξία.
Όταν η Μαρία Μπονέλου έπαθε Αλτζχάιμερ, o Σωτήρης Μουστάκας της αφοσιώθηκε πλήρως μέχρι τον θάνατο του στις 4 Ιουνίου του 2007. Εκείνη τον ακολούθησε λίγους μήνες αργότερα στις 30 Αυγούστου 2007.
Στη λεζάντα της σπάνιας φωτογραφίας του Σωτήρη Μουστάκα με την κόρη του σημειώθηκε στο Instagram: «Η Αλεξία Μουστάκα, η οποία ακολούθησε στο σανίδι τα βήματα του πατέρα αλλά και της μητέρας της, Μαρίας Μπονέλλου, είπε σε πρόσφατη τηλεοπτική συνέντευξη της με αφορμή την επέτειο του θανάτου του ηθοποιού: «Δεν νομίζω ότι έχει υπάρξει ημέρα που να μην έχω καλέσει στο μυαλό μου τον πατέρα μου αυτά τα 16 χρόνια. Ο πόνος δεν φεύγει ποτέ, απλά γίνεται πιο γλυκός. Το καλοκαίρι που αρρώστησε, όταν γυρνούσα σπίτι μετά τις πρόβες έβαζα τα κλάματα στο κρεβάτι μου. Δεν μου μιλούσε για την αρρώστια του, με κράτησε πολύ απ’ έξω, γιατί νόμιζε ότι μου κάνει καλό, ενώ δεν μου έκανε. Μετά από τρεις μήνες από τον θάνατο του πατέρα μου, έφυγε και η μητέρα μου, δεν άντεξε την απουσία του. Είναι πάρα πολύ εύκολο σήμερα να βλέπω τον πατέρα μου στις ελληνικές ταινίες. Έχουν υπάρξει άπειρες στιγμές που λέω στον πατέρα μου «να ήσουν εδώ». Τον βλέπω πολύ συχνά στον ύπνο μου, σαν να ζει».
